자료 안 주던 거래처가 가산세를 떠넘기네요

지난주 월요일 부가세 예정신고 기한이었습니다. 거래처 한 곳이 세 번이나 요청했는데 자료를 안 주다가 기한 당일 저녁에 넘겼더라고요. 근데 그중에 매입 증빙이 아예 빠져 있었습니다. 그냥 확인된 것만 넣어서 신고했습니다. 오늘 아침에 전화가 왔는데, 왜 매입을 빼고 신고했냐고 하네요. 환급이 줄었으니 수정신고 비용이랑 가산세까지 저희가 부담하라는 겁니다. 자료 요청한 메일 날짜별로 다 남아있는데 그건 보려고도 안 하고요. 기장료 월 십만원대 거래처입니다. 그냥 깎아주고 넘어가야 하는 건지, 이쯤에서 정리해야 하는 건지 모르겠네요. 다른 분들은 이런 경우 어떻게 하시나요.